Il 18 febbraio 1995 Moratti acquista ufficialmente l’Inter, che era già stata di proprietà del padre Angelo dal 1955 al 1968. I primi anni della presidenza sono i più difficili, in quanto agli ingenti sforzi economici corrispondono poche soddisfazioni sul versante sportivo. Si stima che in tale periodo Moratti abbia dovuto provvedere personalmente a circa 735 milioni di euro di iniezioni di capitale, cifra molto vicina ai 750 milioni di euro incassati con il collocamento in borsa dell’azienda di famiglia Saras avvenuta nel 2006.
Con l’arrivo in panchina di Roberto Mancini nel 2004 si apre un ciclo di vittorie: risalgono al tecnico di Jesi la conquista di tre scudetti, due Coppe Italia e due Supercoppe italiane. La striscia di successi prosegue con il tecnico portoghese José Mourinho, il quale è capace di portare nella bacheca nerazzurra, dal 2008 al 2010, altri due scudetti, una Coppa Italia, una Supercoppa italiana ma soprattutto la Champions League, a 45 anni di distanza dal precedente successo.
Il 15 ottobre 2013, dopo cinque mesi di trattative, viene comunicato l’accordo con l’International Sports Capital, società indirettamente posseduta dagli indonesiani Erick Thohir, Rosan Roeslani e Handy Soetedjo, con il quale la compagnia indonesiana diviene azionista di controllo dell’Inter mediante la partecipazione del 70% attraverso un aumento di capitale riservato. Il 15 novembre l’Assemblea dei Soci dell’Inter elegge ufficialmente Thohir come nuovo presidente al posto di Moratti, che esce dal consiglio di amministrazione rimanendo però nell’organigramma societario come presidente onorario.
Il 23 ottobre 2014 Moratti annuncia le sue dimissioni dalla carica, contestualmente a quelle del figlio Angelomario, di Rinaldo Guelfi e di Alberto Manzonetto da quelle di consigliere di amministrazione, lasciando il club meneghino dopo 19 anni di presidenza e 16 trofei vinti sotto la sua gestione. Il 6 giugno 2016, con la cessione della maggioranza del club al gruppo cinese Suning Commerce Group, lascia l’Inter anche come azionista dopo 21 anni.