Il 13 maggio 1981, pochi minuti dopo l’ingresso di Wojtyła in piazza San Pietro per l’udienza generale, Ali Ağca sparò tre colpi di pistola al papa. Pur riuscendo a raggiungere il colonnato di piazza San Pietro con l’intento di fuggire dal luogo dell’attentato, venne costretto a fermarsi da alcuni astanti. Facendo cadere inavvertitamente la pistola a terra urtando con il braccio una suora lì presente e rimanendo quindi disarmato poté essere arrestato facilmente dalle forze dell’ordine.
Wojtyła fu presto soccorso e sopravvisse e dopo l’attentato. Fu sottoposto a un intervento di 5 ore e 30 minuti. Il 22 luglio 1981, dopo tre giorni di processo per direttissima, i giudici della corte di Assise condannarono Mehmet Ali Ağca all’ergastolo per tentato omicidio di Capo di Stato Estero. Ali Ağca rinunciò a presentare appello contro la sentenza di condanna che motivava la pena, esplicitando che l’attentato “non fu opera di un maniaco, ma venne preparato da un’organizzazione eversiva rimasta nell’ombra”.
La difesa sostenne, invece, che Ali Ağca aveva agito da solo, in preda a una schizofrenia paranoica, mossa dal desiderio di diventare un eroe del mondo musulmano.